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Parution sur le site circulaire.gouv.fr de l’ INSTRUCTION N° 12-002-M0 du 19 janvier 2012 (NOR : BCR Z 12 00003 J) qui diffuse et présente à l’intention des comptables des collectivités locales, des établissements publics locaux (dont les régies personnalisées, OPH et EPSMS) et des établissements
publics de santé, l'instruction fiscale publiée au bulletin officiel des impôts n° 66 du 9 mai 2007 dans la série 3 D-1-07.

Il faut saluer cet effort de pédagogie, malgré les cinq ans de réflexion qui ont été nécessaires.

"Les règles de déduction de la TVA ont en effet été modifiées par le décret n° 2007-566 du 16 avril 2007. Auparavant codifiées aux articles 205 à 242 de l'annexe II au Code général des impôts (CGI), elles sont désormais reprises aux articles 205 à 210 de cette même annexe. La refonte des modalités du droit à déduction, applicable au 1er janvier 2008, témoigne de changements dans l'approche de la gestion de la TVA. Jusqu'ici, la démarche en la matière se fondait sur deux critères : la qualité de l'assujetti et la nature du bien. Désormais, le raisonnement est centré sur la notion d' « opération économique ».
Cette instruction présente donc, d'une part, les mécanismes de détermination de la TVA déductible lors de la réalisation d'une dépense par les collectivités et établissements publics locaux cités supra et, d'autre part, les modalités de mise en oeuvre des régularisations nécessaires dans certains cas.
Elle actualise les termes de l'instruction n° 07-045-M0 du 19 novembre 2007 qui est abrogée".

On y trouve même des exemples pédagogiques pour les hospitaliers :

Un établissement de santé acquiert du matériel chirurgical pour un montant HT de 200 000 €. La TVA
grevant le matériel s'élève à 39 200 €. Ce matériel est utilisé en principe par l'établissement lui-même à
raison de 2500 heures par an mais peut également être utilisé par des praticiens exerçant « en libéral »1
et s'acquittant pour cela d'une redevance soumise à la TVA, à raison de 600 heures par an. La TVA
grevant le matériel est alors déductible en proportion du temps d'utilisation du matériel « en libéral »,
l'activité de soins exercée par l'établissement lui-même n'entrant pas dans le champ d'application de la
TVA. Le coefficient d'assujettissement est le suivant :
Temps d'utilisation « en libéral » du matériel 600
Temps total d'utilisation du matériel
soit
2500 + 600
soit 0,1935… arrondi à 0,20.

Plus sérieusement, elle rappelle la possibilité de recourir à une « clé de répartition » unique

"Lorsque des biens ou des services sont utilisés concurremment pour la réalisation d'opérations imposables
et d'opérations situées hors du champ d'application de la TVA, la TVA grevant leur acquisition n'est
déductible qu'en proportion de leur utilisation pour les besoins d'opérations imposables. Les CEPL
doivent donc, en principe, déterminer cette proportion pour chaque dépense en fonction de l'utilisation
projetée du bien ou du service correspondant.
Toutefois, ils peuvent être autorisés à déroger au principe de l'affectation de leurs dépenses en
déterminant leur droit à déduction pour l'ensemble de leurs dépenses (mixtes ou non) en appliquant une
clef de répartition unique. Cette autorisation ne nécessite plus de demande écrite auprès de
l'administration, hormis le cas où l'établissement concerné est un établissement public de santé4.
La clé de répartition s'obtient en inscrivant au numérateur du rapport, le montant hors taxe des recettes de
l'entité afférentes aux opérations ouvrant droit à déduction et, au dénominateur, le montant total hors taxe
des recettes de l'entité afférentes à ses opérations situées à la fois dans le champ et hors du champ
d'application de la TVA".


Les hôpitaux et leurs comptables disposent ainsi de l’ensemble des informations leur permettant de réaliser des économies de TVA, sans recourir aux habituellement très coûteux cost-killers….

A quand une instruction sur la fiscalité des GCS et des GCSMS ? Dans cinq, dix, quinze ans ?