La circulaire N° DGOS/RH3/DGCS/4B/2013/121 du 20 mars 2013 explicite l'incidence des congés pour raisons de santé sur le report des congés annuels des fonctionnaires hospitaliers, sur le fondement des décisions de la Cour de Justice des Communautés Européennes.
Les réglementations nationales ne peuvent en effet prévoir l’extinction du droit au congé annuel à l’expiration de la période de référence lorsque le travailleur a été en arrêt maladie durant tout ou partie de cette période (CJCE, 20 janvier 2009, aff. 350/06 et 520/06).
L’administration tente donc de concilier le principe du report automatique des congés issu de la jurisprudence européenne avec les dispositions de l'article 4 du décret n° 2002-8 du 4 janvier 2002 relatif aux congés annuels des agents des établissements mentionnés à l’article 2 de la loi n° 86-33 du 9 janvier 1986 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique hospitalière, « le congé dû pour une année de service accompli ne peut se reporter sur l’année suivante, sauf autorisation exceptionnelle accordée par l’autorité investie du pouvoir de nomination. »