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L’exécution des marchés publics, délégations de service public et autres contrats administratifs peut susciter des litiges souvent longs et complexes où les responsabilités sont partagées entre les contractants.

L’annulation d’un contrat administratif par le juge administratif est également source potentielle de difficultés entre les parties.
Afin de résoudre amiablement ces conflits, les pouvoirs publics encouragent depuis une quinzaine d’années le recours à la transaction définie aux articles 2044 et suivants du code civil (cf. Circulaire du Premier ministre du 6 février 1995). Il en va de même du Conseil d’État.
Une instruction du 12 avril 2010 diffusant une circulaire du 7 septembre 2009 présente les règles qui régissent la conclusion et l’exécution des transactions en matière de contrats de la commande publique.

Celle-ci rappelle le rôle limité des comptables publics à l’issue de l’adoption d’une transaction : “les missions qui leur sont assignées ne les autorisent pas à contrôler la légalité et l’opportunité des contrats qui leur sont présentés”.