Le décret n°2010-425 du 29 avril 2010 confirme sans aucune ambiguïté que les établissements publics de santé sont désormais des établissements publics nationaux.

Ainsi, parmi d’autres, l’article 9 complète l’article R. 111-1 du code des juridictions financières qui énonce les différents établissements publics nationaux.
Les établissements publics nationaux dont le jugement des comptes et l’examen de la gestion peuvent être délégués par arrêté du premier président de la Cour des comptes dans les conditions fixées au deuxième alinéa de l’article L. 111-9 appartiennent aux catégories suivantes :
1° Les établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel mentionnés à l’article L. 711-2 du code de l’éducation ;
2° Les établissements d’enseignement supérieur à caractère administratif placés sous la tutelle du ministre chargé de l’enseignement supérieur mentionnés à l’article L. 741-1 du code de l’éducation ;

3° Les écoles d’architecture mentionnées à l’article L. 752-1 du code de l’éducation ;
4° Les établissements d’enseignement supérieur agricole et vétérinaire mentionnés à l’article L. 751-1 du code de l’éducation et à l’article L. 812-2 du code rural ;
5° Les instituts universitaires de formation des maîtres ;
6° Les centres régionaux des oeuvres universitaires ;
7° Les centres régionaux d’éducation populaire et de sports ;
8° Les centres régionaux de documentation pédagogique ;
9° Les établissements d’enseignement mentionnés à l’article L. 211-4 et L. 162-3 du code de l’éducation et le lycée Comte de Foix, à Andorre, assimilé à cette catégorie ;
10° Les établissements créés en application de l’article L. 321-1 du code de l’urbanisme ;
11° Les chambres de commerce et d’industrie et leurs groupements ;
12° Les chambres de métiers et de l’artisanat et leurs groupements ;
13° Les chambres d’agriculture et leurs groupements ;
14° Les établissements publics de santé.
Dès lors, sa gouvernance n’a rien d’extraordinaire. Les EPS ne font que rejoindre d’autres établissements publics nationaux à directoire et conseil de surveillance.
Cf. par exemple, l’Agence de l’innovation industrielle (Article 19 de la loi n°2005-842 du 26 juillet 2005 pour la confiance et la modernisation de l’économie et décret n°2005-1021 du 25 août 2005) ; établissement public « Société du Grand Paris » ; Le Fonds de réserve pour les retraites, etc.
Beaucoup moins sexy que la référence aux SA avec Directoire et Conseil de surveillance !