Dans son avis rendu le 12 janvier 2010, la Conférence nationale de santé « souhaite faire part de ses inquiétudes sur l’insuffisance de transversalité à l’occasion de la mise en oeuvre de la loi n° 2009-879 du 21 juillet 2009 portant réforme de l’hôpital et relative aux patients, à la santé et aux territoires. En effet, les dispositions prévues dans les textes qu’elle vient d’examiner traduisent davantage le cloisonnement et l’absence d’articulations. Les démarches transversales sont de facto laissées à la bonne volonté des acteurs, alors qu’elles devraient être explicitement prévues, si on veut des politiques de santé cohérentes et coordonnées, conformes à l’esprit et aux objectifs de la loi.
Cette inquiétude est renforcée par ce que l’on connait aujourd’hui des premiers projets d’organigramme des agences régionales de santé qui semblent reconstituer en interne les cloisonnements antérieurs ».