Protection fonctionnelle des directeurs devant la cour des comptes : retour vers le futur ?

article rédigé le 13/04/2026 par Me Pierre-Yves Fouré

Dans son chef d’œuvre De la stratégie judiciaire (1968), l’immense Jacques Vergès démontrait que la défense de connivence devait être reléguée au second plan au profit de la défense de rupture lorsqu’il est indispensable de retourner l’accusation contre celui-là même qui accuse. La légende dit qu’il aimait faire savoir qu’il défendrait n’importe qui, à la seule condition toutefois qu’il plaidât coupable. L’honoraire, disait-il aussi avec la même sans malice, c’est 800 de l’heure, tout en laissant au client le libre-choix de la devise.

Toutes proportions gardées, c’est un peu le même sujet qui nous vaut ces lignes aujourd’hui pour évoquer l’actualité de la défense des directeurs hospitaliers et médicosociaux devant la Cour des comptes, en écho à l’examen par le Conseil commun de la fonction publique (CCFP) en sa séance du 8 avril 2026 du projet de loi portant extension du bénéfice de la protection fonctionnelle en cas de mise en cause devant les juridictions financières.

Un projet de loi limpide : protection fonctionnelle dans toutes les instances

La copie du Gouvernement, révélée par Hospimédia dans son édition du 7 avril 2026, est limpide :

« Le code général de la fonction publique est ainsi modifié :

1° Après l’article L.134-4, il est inséré un article L.134-4-1 ainsi rédigé :

« Art. L.134-4-1. – Lorsque l’agent public est mis en cause au titre des infractions mentionnées aux articles L.131-9 et suivants du code des juridictions financières à raison de faits qui n’ont pas le caractère d’une faute personnelle détachable de l’exercice de ses fonctions, la collectivité publique qui l’emploie au moment des faits qui lui sont reprochés doit lui accorder sa protection. » ;

2° À l’article L.134-12, les mots : « civiles ou pénales » sont remplacés par les mots : « civiles, pénales ou financières ».

Telles les cloches qui cessent de sonner le Jeudi Saint jusqu’à leur retour de Rome au Dimanche de Pâques, la protection fonctionnelle aura donc été éclipsée pendant de longs mois, depuis cette Note n°360/24/SG du 2 avril 2024 de la Secrétaire Générale du Gouvernement qui en cantonnait le déclenchement aux seules poursuites pénales et civiles (Note avalisée par le Conseil d’Etat dans son arrêt N°497840 du 29 janvier 2025) et qui était bien mal compensée par la Circulaire n°6478-SG du 17 avril 2025 de M. François Bayrou, alors Premier Ministre, qui proposait que l’agent mis en cause puisse à tout le moins « disposer des archives » et mobiliser des « ressources internes pour lui fournir un appui juridique, technique ou humain dans la préparation de sa défense » [sic]. Mais plus question de prendre en charge l’intervention d’un avocat.

Contre le spectre de défenses isolées confiées à des opérateurs assurantiels privés

La forte mobilisation des gestionnaires hospitaliers, heurtés par cet abandon en rase campagne, vigoureusement relayée par le Syncass-CFDT et l’Association des directeurs d’hôpitaux (ADH) a porté ses fruits. D’autant que ce rétablissement annoncé de la protection fonctionnelle ne devrait pas être tributaire de la prochaine loi de Décentralisation, véhicule législatif initialement envisagé : le projet de loi spécifique précité peut permettre une adoption rapide par le Parlement.

Ce rétablissement, annoncé à l’Assemblé Nationale le 27 novembre 2025 par la Ministre de l’action publique et des comptes publics – nommée dans l’intervalle Première Présidente de la Cour des comptes par le décret du 11 février 2026 – éloigne le spectre d’un transfèrement de la défense des DH et D3S vers des dispositifs privés d’assurance de protection juridique. Cette alternative, qui était légitimement envisagée comme une solution de repli, recelait néanmoins le risque évident d’isoler définitivement les directeurs dans l’exercice de leurs défenses, en marge de toute dimension collective. Or, il suffit de connaître un tant soit peu la pression très forte subie par un directeur à l’occasion d’une procédure devant la Cour des comptes pour savoir à quel point la dimension institutionnelle de la défense et la protection de sa réputation sont essentielles.

Non moins accessoirement, l’expérience récente d’un hôpital ultramarin montre qu’une défense a de bien meilleures chances d’être entendue lorsqu’elle illustre que le déploiement de dispositifs palliatifs venait répondre à un manque criant d’attractivité sur des professions médicales et soignantes en forte tension, garantissant ainsi la continuité des soins, obligation légale et absolue.

L’octroi de la protection fonctionnelle ne doit pas être un préjugement de l’affaire

Un point de vigilance s’impose d’ores et déjà sur les conditions d’octroi de la protection fonctionnelle qui n’est bien évidemment pas automatique mais appréciée au cas par cas.

En se prononçant sur l’existence, ou non, d’une « faute personnelle détachable de l’exercice de ses fonctions » pour accorder une protection fonctionnelle à l’aune du nouveau texte précité, il ne faudrait pas que l’autorité administrative décisionnaire ne cherche à devancer l’analyse revenant au Parquet Général et le cas échéant à la Chambre du Contentieux de la Cour des comptes d’une « faute grave ayant causé un préjudice financier significatif », au sens de l’article L.131-9 du Code des juridictions financières définissant l’infraction phare de violation des règles relatives à l’exécution des recettes et des dépenses.

D’autant que l’autorité qui décide d’octroyer ou non la protection fonctionnelle (le directeur général d’ARS pour les personnels de direction des établissements publics de santé ; le même et le Préfet de département pour les personnels de direction des établissements médicosociaux) est bien souvent celle-là même qui a pu connaitre, en temps réel, des faits reprochés à l’ordonnateur hospitalier. Voire celle qui a pu être amenée à les inciter, par exemple lorsqu’il s’agit de garantir « coûte que coûte » la continuité du service public et la permanence des soins en établissement de santé.

Non sans risque, alors, d’un télescopage avec les dispositions de l’alinéa 2 de ce même article L.131-9 : « Les autorités de tutelle (…) lorsqu’elles ont approuvé les faits mentionnés au premier alinéa, sont passibles des mêmes sanctions ».

Dans un article « La responsabilité financière des directeurs d’établissements de santé et médico-sociaux : analyse de la jurisprudence en série longue (1948-2025) » publié dans la Revue de droit sanitaire et social (RDSS 2026, p.81), M. Robin Gonalons, Conseiller référendaire en service extraordinaire à la Cour des comptes et Directeur d’Hôpital, faisait observer : « [L]a responsabilité financière n’a en aucun cas pour objet de sanctionner les piètres stratèges, aussi longtemps que ceux-ci respectent les règles qui s’imposent à eux. Un directeur d’établissement qui prendrait des décisions de gestion malheureuses, sans verser dans les infractions [du Code des juridictions financières], ne sera pas poursuivi (…) ».

Cette distinction à opérer entre responsabilité financière devant le juge et responsabilité managériale de gestion appréciée par les autorités de tutelle méritait assurément d’être rappelée, pour autant que la frontière entre ces deux ensembles ne soit pas un tantinet poreuse.

Rappelant la judiciarisation croissante à laquelle les directeurs sont de plus en plus exposés dans l’exercice de leurs fonctions – dont la nouvelle responsabilité financière du gestionnaire public (RFGP) entrée en vigueur depuis le 1er janvier 2023 n’est que l’une des facettes –, le Syncass-CFDT ne s’y est pas trompé en alertant sur le risque que les ARS soient parfois « juges et parties » et en appelant de ses vœux un mécanisme de bonne péréquation sur l’ensemble du territoire national.

Alors que se profilent des bouleversements majeurs dans l’organisation décentralisée et départementalisée de la santé avec son possible cortège de pressions des élus locaux, gageons que ce rétablissement de la protection fonctionnelle devant les juridictions financières dépasse la culture de l’instant et soit suffisamment robuste pour garantir aux directeurs la pleine et entière défense à laquelle ils ont bien droit.

Encore faut-il, bien sûr, que ce projet de loi soit qu’il soit adopté et promulgué.

Mais face à un mouvement inéluctable donné par le Gouvernement et le CCFP, les tutelles pourraient même envisager de le devancer.