PROTECTION FONCTIONNELLE : SUBIR L’ATTAQUE… ET EN PAYER LE PRIX !
Article rédigé le 16 juin 2025 par Me Hannan Chenaoui
À l’avenir, les personnes publiques pourraient se montrer encore plus vigilantes quant aux conditions d’attribution de la protection fonctionnelle, et peut-être aussi moins frileuses à engager des actions récursoires à l’encontre des agents ou des personnes à l’origine des faits ayant justifié cette protection.
Une tendance qui pourrait s’accentuer compte tenu de la décision du Conseil d’état du 7 février 2025 qui rappelle que la protection fonctionnelle implique de prendre en charge des frais de procédure engagés dans une instance dirigée contre elle-même.
En bref … rappel des raisons d’être de la protection fonctionnelle
Face à l’augmentation des agressions envers le personnel hospitalier, le gouvernement avait pris la décision de renforcer la protection fonctionnelle des personnels des établissements de la fonction publique hospitalière. Cette intervention s’était notamment traduite par la publication d’une circulaire relative à la protection fonctionnelle des personnels des établissements de la fonction publique hospitalière le 29 mai 2024 par le ministère du Travail, de la Santé et de la Solidarité.
La protection fonctionnelle est une protection accordée par l’Etat à l’agent public attaqué en raison de ses fonctions ou faisant l’objet de poursuites pénales ou civiles pour des faits commis dans l’exercice de ses fonctions.
Ce principe, de nature jurisprudentielle à l’origine, a été consacré par la loi dans les articles 134-1 et suivants du code général de la fonction publique.
Comme nous avons pu le rappeler, cette protection exprime la volonté d’une solidarité nationale à l’égard de ceux qui œuvrent pour l’intérêt général. Elle s’explique par la nature particulière de leurs missions : au cœur du service public, ils s’exposent davantage à des risques de conflit avec les usagers du service public ou avec des tiers et leurs prérogatives peuvent parfois conduire à engager leur responsabilité personnelle, qu’elle soit civile ou pénale. Depuis 1963, elle constitue un principe général du droit (CE, 26 avril 1963, Centre hospitalier régional de Besançon). Son octroi suppose que les faits soient liés aux fonctions exercées par l’intéressé et à sa qualité d’agent public.
> Pour aller plus loin sur le sujet : vous pouvez retrouver nos articles explicitant le cadre juridique tout particulier de la protection fonctionnelle des personnels des établissements de la fonction publique hospitalière. (Protection fonctionnelle : protection de l’agent ou de l’institution ? ou encore : Protection fonctionnelle des agents : enjeux et régulation en débat article corédigé par Me FOURÉ et Mme Marie COURTOIS)
> Retrouvez également un article sur la question sensible de la protection fonctionnelle des directeurs d’hôpitaux (Refus de protection fonctionnelle : Des directeurs d’hôpitaux privés de défense ? article rédigé par Me HOUDART).
Les conséquences de la reconnaissance de la protection fonctionnelle sur les instances administratives
Octroyer la reconnaissance de la protection fonctionnelle implique pour l’Administration plusieurs aspects :
- un soutien moral et institutionnel de l’agent (assurer la sécurité de l’agent, permettre sa prise en charge psychologique si besoin, engager, le cas échéant, une procédure disciplinaire à l’encontre de l’auteur présumé des attaques, etc) ;
- une assistance juridique gratuite : L’agent pourra choisir librement son avocat et ce dernier sera rémunéré par l’administration, sous réserve d’être justifié. Les frais de procédure et les condamnations civiles prononcées à raison de faute de services seront également pris en charge.
Au titre de l’assistance juridique, la règlementation ne vise explicitement que la « demande de prise en charge des frais exposés dans le cadre d’une instance civile ou pénale » (art. 2 du décret n° 2017-97 du 26 janvier 2017 relatif aux conditions et aux limites de la prise en charge des frais exposés dans le cadre d’instances civiles ou pénales par l’agent public ou ses ayants droit, disposition désormais codifiée aux articles R134-1 et R134-2 du code général de la fonction publique).
C’est sur ce point particulier sur lequel le Conseil d’Etat a été amené à se pencher. Le Juge des référés avait en effet retenu dans cette affaire que les frais engagés devant la juridiction administrative en étaient de fait exclus.
Néanmoins, selon le Conseil d’Etat, malgré la lettre du texte qui ne vise que les instances civiles et pénales, la protection fonctionnelle devrait couvrir également les frais exposés par l’agent dans le cadre d’une procédure engagée devant une juridiction administrative :
« 4. D’une part, ces dispositions établissent à la charge de l’administration une obligation de protection de ses agents dans l’exercice de leurs fonctions, à laquelle il ne peut être dérogé que pour des motifs d’intérêt général. Cette obligation de protection a pour objet, non seulement de faire cesser les attaques auxquelles l’agent est exposé, mais aussi d’assurer à celui-ci une réparation adéquate des torts qu’il a subis. La mise en œuvre de cette obligation peut notamment conduire l’administration à assister son agent dans l’exercice des poursuites judiciaires qu’il entreprendrait pour se défendre. Il appartient dans chaque cas à l’autorité administrative compétente de prendre les mesures lui permettant de remplir son obligation vis-à-vis de son agent, sous le contrôle du juge et compte tenu de l’ensemble des circonstances de l’espèce.
5. D’autre part, l’instance engagée par un agent devant une juridiction administrative, relative à des faits ouvrant droit au bénéfice de la protection fonctionnelle doit être regardée comme entrant dans les prévisions de l’article L. 134-12 du code général de la fonction publique et du décret du 26 janvier 2017 relatif aux conditions et aux limites de la prise en charge des frais exposés dans le cadre d’instances civiles ou pénales par l’agent public ou ses ayants droit pris pour son application, dont les dispositions sont désormais codifiées aux articles R. 134-1 et suivants de ce même code. Dès lors, en jugeant que ces dispositions faisaient obstacle à ce que les frais d’avocat exposés par M. B. devant les juridictions administratives puissent être pris en charge par l’Etat au titre de la protection fonctionnelle, le juge des référés de la cour administrative d’appel de Paris a commis une erreur de droit. » (Conseil d’Etat 7 février 2025).
Monsieur. Marc PICHON de VENDEUIL, Rapporteur public, précise en effet qu’à son sens retenir le contraire, et exclure les instances administratives de la protection fonctionnelle, heurterait « la logique-même du régime de la protection fonctionnelle, qui vise à appréhender globalement les conséquences de certaines situations subies par l’agent, sans cloisonner ces situations en fonction de la compétence de tel ou tel ordre juridictionnel ».
Il ajoute : « Il y aurait d’ailleurs quelque paradoxe à raisonner de la sorte car cela conduirait à considérer que l’administration a finalement moins d’obligations vis-à-vis de son agent lorsque c’est sa propre responsabilité qui est susceptible d’être engagée que lorsqu’elle est étrangère au litige au titre duquel est sollicitée la protection fonctionnelle ».
Cette clarification était nécessaire : elle vient combler une zone d’incertitude et rappeler aux administrations qu’elles ne peuvent restreindre le champ de la protection fonctionnelle, sous prétexte de la nature de la juridiction concernée.
Cependant, elle soulève une inquiétude : L’administration se retrouve alors, potentiellement, à prendre en charge une procédure dirigée à son encontre. Au lieu de renforcer la protection des agents, le système pourrait ainsi conduire à devenir un jeu d’équilibres précaires, où la peur des représailles financières pèse sur chaque décision.
Avocate au sein du département Fonction publique du pôle social
Maître Chenaoui conseille quotidiennement les établissements publics depuis plus de 10 ans.
Avant de devenir avocate, Me Chenaoui a exercé en tant que juriste contentieux au sein de la Direction générale de Pôle emploi, de 2012 à 2021.
Elle a notamment participé à la mise en œuvre des réformes des politiques publiques dans le domaine de l’emploi et à la mise en place des stratégies contentieuses pour la défense des intérêts de l’institution pour laquelle elle exerçait.
Aujourd’hui, elle représente les directions d’établissements de santé devant les juridictions administratives et judiciaires et assure par ailleurs des conseils stratégiques sur la gestion de leur projet au plan individuel


